Gaussianだと振動数が３列にわたって表示されるのでコピーしにくい。
３列にわたって出力されるものを１列に直すbashワンライナー。
ちょっと冗長な気はするが、とりあえず動けばいいということで。
(awkのprintで改行を打ち込めないかと思ったのだが、\nではダメで、代替手段を探すのが面倒に)
grep Frequencies FREQ.LOG | cat | while read line ; do echo $line | cut -f3 -d’ ‘ ; echo $line | cut -f4 -d’ ‘; echo $line | cut -f5 -d’ ‘; done
ORCAはopenMPIに依存する。
ライブラリのエラーのため、バイナリを解凍して存在するopenmpiへLD_LIBRARY_PATHを設定するだけでは使えなかった。
まず、下記二つのlibraryがloadできないと言われる。
libmpi_cxx.so.1
libmpi.so.1
確かに、もとからある/local/apl/pg/openmpi-1.4.5/libにはこれらのso.0のバージョンしかない。管理者にお願いしてsymbolic linkを貼ってもらえばいいのかもしれないが、面倒なので自分でopenmpiをビルドする。
openmpi-2.0.1では仕様の変更のためか上記ライブラリがなかったので、openmpi-1.6.5をビルド。mpirunへのPATHとLD_LIBRARY_PATHを設定する。
しかし、これでもまだライブラリlibbat.soがloadできないというエラーになる。lddコマンドではちゃんとリンクが確認できるのに不思議である。ともかく、libbat.soはLSFに関連するライブラリらしく、LSFは必要ないので、openmpi-1.6.5のconfigure時に–without-lsfを追加。openmpiはconfigure時、自動で存在するキューイングシステムを特に指示せずとも読み取ってくれるらしいが、今回はその親切が仇になったようだ。これで走るようになった。ただし、ノード間並列は（intelMPIしかサポートしていないため）できない。