CP2K@物性研システムB

ver5.1をビルドするためにはコンパイラのバージョンを変える必要がある。

(. /etc/profile.d/modules.sh)←バッチジョブスクリプトでmoduleコマンドを実行するのに必要
module purge
module load intel/17.0.4.196
module load intel-mpi/5.1.3.258

まずlibint、fftw、libxc-4.0.4、autotune_gridはログインノードでビルド完了。

次にlibsmmは、ログインノードで実行するとデータ集めの最中に切れてしまい不可、またインタラクティブモードでも60分の制限があるため、ジョブを100個自動で生成してビルドするしかない。pbs.wlmを書き換える。

batch_cmd() {
cat <<EOF > ${test_name}.sh
#!/bin/sh
#QSUB -queue F4cpu
#QSUB -node 1
#QSUB -omp 1
#QSUB -place pack
#QSUB -over false
#PBS -l walltime=${wtime}
#PBS -N ${test_name}
cd \$PBS_O_WORKDIR
. /etc/profile.d/modules.sh
module purge
module load intel/17.0.4.196
${aprun_cmd} $@
EOF
}

もとのpbs.wlmではqsubとセットになっているのだが、システムBではワンライナーでqsubができないのでヒアドキュメントを使う。これに実はqsubも組み合わせようとしたのだが、うまくいかなかった。パイプでqsubとか、2段に分けてqsub ${test_name}.shとか試みたが、いずれもEOFが見つからないと怒られる。仕方がないのでqsubは自分で別に実行するようにした。どのみち、システムBにjobは100個しか投入できないので、何か走っていると最後の方が無理だから、様子を見て逐次投入して行くのでちょうどよかったかも。残りのプロセスも同様にして完遂し、libsmmをビルド。

OCTOPUSと同様のarchファイルでコンパイル。

regtestだが、これもシステムBではログインノードでmpijobが実行できず、インタラクティブモードでも時間が足りないので、jobを投げて実行する。do_regtestファイルのmpiexecをmpijobに換えて、-np 2も-mpi 2にする。

テストしたところ、TMCで6件のWRONGが出て、残りはすべてCORRECTだった。

TMC_ana_density.inp 0.711367119328203 WRONG RESULT TEST 39
TMC_ana_G_R.inp 0.711367119328203 WRONG RESULT TEST 39
TMC_ana_dip_cl.inp 0.711367119328203 WRONG RESULT TEST 39
TMC_ana_deviation.inp 0.711367119328203 WRONG RESULT TEST 39
TMC_ana_create_traj_without_ana.inp – OK ( 0.27 sec)
TMC_ana_start_with_exist_traj.inp 5.905896245601220E-003 WRONG RESULT TEST 39
TMC_ana_restart.inp 5.905896245601220E-003 WRONG RESULT TEST 39

シングルコアでテストするとTMCダメと言われているが、そこは2core並列でテストしている。まあシステムBでモンテカルロを計算しなければよいのですね。

 

コメントを残す

メールアドレスが公開されることはありません。 が付いている欄は必須項目です